L'Annexe I est la liste de celles des espèces animales et végétales couvertes par la CITES dont la survie est la plus compromise (voir l'Article II, paragraphe 1, de la Convention link). Ces espèces sont menacées d'extinction aussi la CITES en interdit-elle généralement le commerce international des spécimens. Cependant, leur commerce peut être autorisé dans des conditions exceptionnelles - pour la recherche scientifique, par exemple. Quand c'est le cas, un permis d'exportation (ou un certificat de réexportation) et un permis d'importation sont délivrés. (Voir l'Article III de la Convention)

L'Annexe II est la liste des espèces qui, bien que n'étant pas nécessairement menacées actuellement d'extinction, pourraient le devenir si le commerce de leurs spécimens n'était pas étroitement contrôlé. Elle comprend aussi ce qu'on appelle les "espèces semblables", c'est-à-dire celles dont les spécimens commercialisés ressemblent à ceux des espèces inscrites pour des raisons de conservation (voir l'Article II, paragraphe 2, de la Convention link). Le commerce international des spécimens des espèces inscrites à l'Annexe II peut être autorisé. Quand c'est le cas, un permis d'exportation ou un certificat de réexportation est délivré; un permis d'importation n'est pas nécessaire. Les autorités chargées de délivrer les permis et les certificats ne devraient le faire que si certaines conditions sont remplies mais surtout si elles ont l'assurance que le commerce ne nuira pas à la survie de l'espèce dans la nature. (Voir Article V de la Convention)

L'Annexe III est la liste des espèces inscrites à la demande d'une Partie qui en réglemente déjà le commerce et qui a besoin de la coopération des autres Parties pour en empêcher l'exploitation illégale ou non durable (voir l'Article II, paragraphe 3, de la Convention link). Le commerce international des spécimens des espèces inscrites à cette annexe n'est autorisé que sur présentation des permis ou certificats appropriés. (Voir Article V de la Convention)

Seule la Conférence des Parties - à ses sessions ordinaires ou par correspondance - peut ajouter des espèces aux Annexes I et II, ou en supprimer de ces annexes, ou encore en transférer entre ces annexes (voir Article XV de la Convention). En revanche, une Partie peut en tout temps inscrire des espèces à l'Annexe III ou supprimer des espèces de cette annexe (bien que la Conférence des Parties recommande de procéder aux changements au moment où les Annexes I et II sont amendées).

Les noms d'espèces figurant dans les annexes peuvent être annotés pour préciser l'inscription. Des populations séparées d'une même espèce, par exemple, peuvent avoir des besoins de conservation différents et être inscrites à des annexes différentes (exemple: les populations de loups inscrites à l'Annexe I sont uniquement celles du Bhoutan, de l'Inde, du Népal et du Pakistan; toutes les autres sont inscrites à l'Annexe II). Ces annotations (par exemple "#1") apparaissent dans la partie "Interprétation", ainsi que dans les annexes, à côté du nom de l'espèce; on a ainsi une double référence. C'est pour cette raison que les annexes devraient toujours être consultées en se référant en même temps à la partie "Interprétation".

Informations obtenues à partir du site du CITES